微生物组(microbiome)是指存在于特定环境中的微生物及其所有遗传信息。

人体微生物组是人体内各处共生的细菌，大多是无害的。
对人类发挥有益作用的共生菌能产生人体无法自己产生的代谢物质或抑制病原菌的生长等，对人体有多种贡献。

尤其是肠道微生物组(gut microbiome)，根据遗传, 饮食习惯, 生活习惯等, 每个人都有多种构成，履行与人类健康相关的多种功能。肠道微生物，于2023年5月全球首例微生物组口福治疗药物获得了FDA认证，成为研究的重要关注点。